Odsjek podržava dva preddiplomska i dva diplomska studijska programa: Glazbenu teoriju i Kompoziciju, a formiran je pokretanjem navedenih programa ak. godine 2001/2002.
Uz izrazito praktičan pristup, koji je tradicionalno obilježje tretmana glazbeno-teorijskih disciplina u povijesti hrvatskog glazbenog školstva, specifičnost studija Glazbene teorije i Kompozicije na splitskoj Umjetničkoj akademiji jest u velikoj zastupljenosti nastavnika znanstvenika u izvedbi studijskih programa te podjednakoj pozornosti koja se posvećuje stjecanju načelno triju domena glazbenih kompetencija: teorijskih (Solfeggio, Harmonija, Polifonija, Glazbeni oblici, Harmonija 20. stoljeća, Aspekti glazbe 20. stoljeća), praktičnih (Kompozicija, Dirigiranje, Glasovir, Harmonija na glasoviru, Sviranje partitura, Instrumentacija) i pedagoških (Psihologija odgoja i obrazovanja, Didaktika, Glazbena pedagogija, Metodika, Metodička praksa). Sukladno stečenim kompetencijama, magistri obaju programa primarno su usmjereni na rad u glazbenim školama, ali su osposobljeni i za vođenje različitih ansambala, skladateljski i aranžerski rad te rad u medijima i glazbenom izdavaštvu. Studiji su se pokazali fleksibilni za Erasmus suradnju, ali i kao odličan temelj za nastavak obrazovanja na doktorskim razinama studija (glazbene teorije, muzikologije, glazbene pedagogije).
Odsjek glazbene teorije i kompozicije aktivno surađuje s Hrvatskim društvom glazbenih teoretičara, Hrvatskim muzikološkim društvom i Hrvatskim društvom skladatelja.